تفسير کوششي بشري، در فهم است که با ابزار ذهن آدمي صورت مي پذيرد و توانايي ذهن در امر فهم، از يک سو محصول دانايي اوست و از سوي ديگر تحت تأثير  تغيير وتکامل معرفتی او است. است. بنابراين، فهم بشر از دين ،از لحاظ کمي و کيفي ثابت نخواهد ماند، همچنين از آن جا که دانايي هاي انسان آميخته به ظنون، خطاها و کاستي هاست، فهم مبتني بر آن نيز، مصون از کج فهمي و اعوجاج نخواهد بود و تفسيري که از قرآن صورت مي پذيرد هم نمي تواند قدسي و الوهي باشد و احتمال اختلاف در آن متصور است.

با اين حال، قرآن نيازمند تفسير است؛ زيرا اولاً نازل کننده ي قرآن، دانشي پايان ناپذير بر تمامي اسرار طبيعت دارد اما انديشه ي بشر محدود است؛ لذا خداوند مضامين عالی ونامحدود را در قالب الفاظي محدود  ومشخص نازل کرده که هر چند گويا و رسا باشد اما گنجايش آن مفاهيم بلند مرتبه و دانش بيکران الهي را ندارد. از اين رو تفسير که تلاشي است در بهره مندي از مقاصد عاليه ي وحي امری لازم وضروری است. ثانياً؛ آيات قرآن به ويژه آيات مربوط به احکام وقوانين فردی وجمعی در قالب عناوين کلی بيان شده ، پس شرح و تبيين جزئيات آن نيازمند کلام پيامبر صلی الله عليه وآله و تفسير معصوم عليه السلام است. بسياری ازآيات قرآن نيز  در ارتباط با حوادث و موضوعات عصر نزول است و براي افرادي که از عمق حوادث آن اطلاع ندارند ،کاملاً  مفهوم نيست، همچنين اعجاز لفظي قرآن، فصاحت و بلاغت، کنايات، استعارات، اشارات و رموز ادبي و لطايف حکمي که در قرآن هست نياز به تفسير دارد. وجود آيات متشابه، مطلقات، مجملات در قرآن هم دليلي ديگر است. لغات و کلمات قرآن نيز مطابق کاربرد قبايل و منطقه هاي مختلف عرب آن عصر بوده است که بايد شناسايي شود.

 از نگاه "علامه" منطق صحيح فهم قرآن اقتضا مي کند که به مباني و قواعد تفسير، علوم مورد نياز و شرايط مفسر و شيوه ي و مراحل تفسير توجه شود. در تفسير قرآن، پانزده علم از علوم مقدماتي مورد نياز مفسر به شمار مي آيد.( طباطبايي، سیري در قرآن، ص 242.)1. نحو 2. صرف 3. اشتقاق 4. معاني 5. بيان 6. بديع 7. قرائت 8. اصول 9. اصول فقه 10. اسباب نزول 11. قصص 12. ناسخ و منسوخ 13. فقه 14. آگاهي و احاطه به خصوص احاديثي که مجملات و مبهمات قرآن را بيان مي کند. 15. علم موهبت. مفسر بايد چنين پيش دانسته هايي را مقدمه و پشتوانه ي فهم کتاب و سنت قرار دهد و سعي کند شريعت را چنان بفهمد که با اين مباني، منافات نداشته باشد، اما اين، بدين معنا نيست که در تفسير قرآن تنها به فهم خود و علوم مذکور اعتماد کند يا سعي نمايد پيش فرض ها و آراء يقيني خود را بر قرآن تحميل کند بدون اين که آيات قرآن را کنار هم قرار دهد و با کلي نگري در آن ها رأي صواب را بيابد،زيرا کتاب و سنت ظروفي خالي نيستند و هر تفسيري را بر نمي تابند، البته مفسر مي تواند پس از ملاحظه ي آيات و ژرف انديشي در آن ها براي فهم بهتر، از علم عصر نيز مدد جويد، بديهي است که ذهن خالي ناتوان است و پرسش ها از برخورد دانسته هاي ذهني با هم يا دانسته هاي ذهني با واقعيات خارجي متولد مي شود، پس هيچ مفسري نمي تواند خالي الذهن باشد، بلکه هر چه از دانش هاي بشري نصيب بيشتري ببرد از وحي الهي حظ وافري خواهد برد.به تعبير روشن تر مي توان گفت، مباني تفسير يک سلسله مباحث هستي شناختي و بينش هاي کلي در باب قرآن و فهم آن است.

قواعد و قوانين تفسير صحيح، همان اصول محاوره است که در هر زباني بايد به کار گرفته شود از جمله: آشنايي کامل به زبان و ادبيات عرب اعم از صرف و نحو ومعاني و ... و بهره گرفتن از قرائن متصل و منفصل، توجه به سياق و صدر و ذيل کلام، کلي نگري نسبت به آيات قرآن، استفاده از نکات تاريخي و قرائن حاليه و شناسايي جو تخاطب و وضعيت مخاطبان، شناخت کامل از گوينده، بهره گرفتن از دستاوردهاي قطعي عقل سليم ، علم به معاني واژگان در زمان نزول و آگاهي از فرهنگ آن زمان. اين علوم در استخراج معاني از آيات و روايات و حجيت آن ها مؤثرند. ولي پاره ي ديگري از علوم در توليد پرسش از قرآن مؤثرند، پرسش هايي که پاسخ آن ها را قرآن ارائه مي دهد. علوم طبيعي، انساني، فلسفه، علوم رياضي و عرفاني مي توانند در توليد پرسش هاي جديد نقش بسزايي داشته باشند و معرفت ديني را عمق بيشتري ببخشند. نکته قابل توجه در بهره مندي از اين علوم، پرهيز از تطبيق يافته هاي آن ها بر قرآن است.

صاحب "الميزان"، بين تفسير و تطبيق قائل به تفکيک است و همه ي تفاسير اخباري، کلامي، فلسفي، صوفيانه و نيز علمي و تجربي را ذيل تطبيق قرار مي دهد. وي اين نکته را متذکر مي شود که چون مفسرين در اين گونه تفاسير، به آيات قرآن از خلال مقبولات علمي پيشين خود مي نگرند و مفروضات علمي خود را بر آيات تحميل مي کنند و به ديگر سخن معاني آيات را با مقبولات علمي خويش تطبيق مي دهند، نمي توان روش کار آن ها را تفسير ناميد و همگي در ورطه ي خطرناک "تطبيق" افتاده اند. (طباطبايی، محمد حسین، المیزان فی تفسیر القرآن ، 1414ق، ج 1، ص 10.)بهترين شيوه در بهره گيري از مفاهيم قرآن، استناد آيات به يکديگر است، يعني توضيح و کشف آيه اي بوسيله ي آيات هم لفظ و يا هم محتوا در چنين شيوه اي که بر جامعيت قرآن نيز تأکيد مي ورزد، قرآن خود تفصيل آيات مجمل و بيان معناي متشابهات با استناد به محکمات را بر عهده گرفته است، وجود آيات ناسخ معرّف منسوخات و آيات مقيد شاهد آيات مطلق است.جمع آوري آيات در راستاي فهم موضوع مورد نظر ، شيوه اي است که قبل از "الميزان" نيز رواج داشته و بعد از آن نيز رونق داشت. از طرفداران اين نظريه مي توان "ابن تيميه"، "ابن کثير"، "بدرالدين زرکشي"،" علامه طباطبايي"،" محمد جواد بلاغي" و ... را نام برد. اما روش "علامه"، روشي ويژه و مخصوص به خود است که روح قرآني در آن موج مي زند.در حالي که ساير مفسرين با استمداد از کتاب هاي لغت و مانند آن حکم مورد نظر را استنباط مي کنند، شيوه ي خاص عالمان، همان طور که "علامه" مدعي است برگرفته از شيوه ي ائمه معصوم "عليهم السلام" است. همين امر سبب شده تفسير "الميزان" تفسيري نو و ابتکاري قلمداد شود. اين تفسير بيشترين استناد واستنباط از آيات و تعمق و تدبر در آن ها براي کشف معاني قرآن و آگاهي از مضامين يا مفاهيم آن را در بردارد و اساس آن بر شناسايي محکمات (به عنوان ام الکتاب که ارجاع آيات ديگر بدان است) و متشابهات است. اين اسلوب ايجاب مي کند که بعضي از قرآن بعضي ديگر را تفسير نمايد و يک مفهوم در مجموعه هاي از آيات و مناسبت ها، تعريف و تعيين گردد. چنان چه کلام مولي "علي عليه السلام" بيانگر آن است: يشهد بعضه ببعضاً و ينطق بعضه بعضاً. (نهج البلاغه، خطبه 131)

در نگاه "علامه"، قرآن خود گوياي مفاهيم و معارف خود مي باشد و براي فهم و درک آيات بهترين راه خود قرآن و آن چه روش تفسيري قرآن به قرآن را ضروري مي کند، توجه به اين اصل است که معاني بايد کاملا مطابق با واقع باشد و کوچک ترين تخطي از آن نکند. زماني که سخن کاملا با حقيقت وفق دهد طبعا با حقايق ديگر منافات پيدا نمي کند، زيرا حقايق مبهم مربوطند و از نقطه ي واحدي سرچشمه مي گيرند. هرگز حقيقتي، حقيقت ديگر را ابطال نمي کند. لذا در ميان اجزاء حق، اختلافي نيست بلکه کمال همبستگي و اتحاد موجود است. يک قسمت دعوت کننده ي به قسمت ديگر و يک جزء گواه جزء ديگر است. و اين از خواص عجيب قرآن است: چه اين که آيات آن هميشه گويا و زنده است به اين معني که هر وقت آيه اي را به آيه ديگر ضميمه کنيم حقيقت تازه اي از آن نتيجه مي گيريم که وقتي بر ساير آيات عرضه داريم، آن ها نيز آن را تأييد مي کنند. (طباطبايی، محمد حسین، المیزان فی تفسیر القرآن،  1414 ق،ج1، صص 89-90)

دين در نگاه "علامه" مجموعه ی اعتقاد به حقيقت جهان  و انسان ومقررات متناسب با آن است که در مسير زندگی مورد عمل قرار  می گيرد و مدار آن بر حقيقت وجود انسانی و اساس قوانينش  بر مبنای دستگاه واقعی آفرينش و کمالات روحی وجسمی وسعادت مادی و معنوی با هم ،استوار است . آنچه در سراسر الميزان به چشم می خورد اهميت ويژه ای است که فطرت دارد ،در واقع  بديهيات و فطريات، منشأ بسياری از دانسته های وافعال بشر  به حساب می آيند و اساس دين نيز بر فطريات قرار دارد که  در محتوايی خاص به نام کتاب مقدس به صورت الفاظ و جملات تعيّن يافته است، در حالی که حقيقت بلند پايه ی آن ، که تکيه گاه و معتمد معارف قرآنی و ساير مضامين آن است ، در لوح محفوظ قرار دارد . 

  از نظر "علامه" ،در حوزه ی معرفت شناسی دينی ، بايد ديد دين ،خود چه نوع معرفت شناسی را عرضه می کند  ، به اين منظور خود از روش تفسيری قرآن به قرآن در شناخت مفاهيم قرآن استفاده می کند ، آنچه اين شيوه را ضروری می نمايد ، توجه به اين اصل است که معانی بايد کاملاً مطابق با واقع باشند و کوچکترين تخطی از آن نکنند .زمانی که سخن کاملاً با حقيقت وفق دهد ،طبعاً با حقايق ديگر منافات پيدا نمی کند ،لذا در ميان اجزاء حق اختلافی نيست بلکه کمال همبستگی واتحاد در بين آن ها موجود است ،يعنی يک قسمت ، دعوت کننده به قسمت ديگر است و اين از خواص عجيب قرآن است. وی ،آموزه های قرآن  را برای آدميان فهم پذير می داند ،البته هر نوع فهمی ولو فاقد هرگونه ارتباطی با مقصود شارع ،پذيرفته نيست ، بلکه فهم قرآن ، فهمی روشمند است که  مراد گوينده ی آن بايد مدّ نظر مخاطب قرار گيرد، بدين لحاظ خواننده با توجه به ساز وکارهای زبانی وعقلی ،می تواند معنای متن قرآن را کشف کند.  البته در توجه به دلالت ظاهری کلام الهی ، ترديدی نيست ،زيرا وجود ملازمه ميان منطوق لغوی آيه ی قرآن ودلالت و معنای آن امری بديهی است. از آنجا که فهم ما محدود است ،قرآن نيز با زبان عربی روشن  ومتناسب با فهم ما نازل شده است ، در واقع اين کتاب شعاعی از آن "کتاب مبين" است ، در اين صورت تفسير الفاظ و ظواهرآن ممکن است ، به عبارت ديگر کلام الهی مانند ساير کلام های معمولی ،کاشف از معنی مراد خود است و هرگز در دلالت خود گنگ نيست. "علامه" خاطر نشان می کند تفاسير قرآنی بايد به اصول بديهی و فطری باز گردد،زيرا انديشه را از انحراف در تفسير آيات باز نگه می دارد.

 البته دانسته ها وزمينه ی فکری مفسر نيز در شکل دهی  معنای متن اهميت بسزايی دارد و "علامه "نيز هرچند تلاش نموده از چنين مفروضاتی به دور باشد، اما در هر حال محدوديت ذهن آدمی را هم بايد در نظر گرفت،لذا ايشان  نيز در تدوين "الميزان " از سبک نوشتاری فلسفی به دور نبوده است .اما  همواره در مورد مقوله های ابدی نا گفته های فراوانی باقی مانده است ، زيرا تفسير اصلی آن ها نزد خداوند متعال است و  اگر مقصود از فهم نهايی قرآن ،  فهم و برداشت مطابق آنچه در لوح محفوظ است، می باشد، تنها "مطهرون" قادر به فهم آن هستند . اين امر، بدين لحاظ است که قرآن دارای بطون ولايه های متعددی است و نيز افهام مردم در درک معنويات اختلاف شديد دارند. همين عمق و ژرفای  قرآن که ويژگی ذاتی ودرونی آن است ، اولين رمز ابديت و ماندگاری قرآن در بستر زمان محسوب  می شود .  نکته ای که "علامه" در کشف معانی باطنی قرآن متذکر می شود ، اين است که معانی باطنی بايد با داده های ظاهر کتاب و حقايق شريعت موافق و ساز گار باشد .در واقع معانی ظاهری و باطنی قرآن در طول هم قرار دارند ،نه در عرض يکديگر و دستيابی به آن ها نيز بايد روشمند واصولی صورت پذيرد.اين در حالی است که تکثر وتنوع مورد ادعای پلوراليزم دينی ، تکثر تعارض آميز ومتباين است که  فرو کاستن آن در معنای واحد امکان ندارد.

همچنين قرآن از نظر انطباق بر مصاديق وبيان حالات آن ها ، وسعت داشته و اختصاص به موارد نزول آيات ندارد ، بلکه در هر موردی که با نزول ، از لحاظ مناط وملاک ، يکسان باشد ، جاری می گردد. بنابراين  وی بر لزوم فهم عصری و فهم فطرت نمون و خردمندانه ی متون دينی تأکيد می ورزد و شکستن تجمد وتصلب را با منطق صحيح تفسير ميسر می داند .بدين لحاظ نياز مند  فهمی روز آمد از دين هستيم.در زير مواردی را که در نوآوری دينی کمک می کنند به طور خلاصه  بيان می شود::  

الف- ارائه ی تقريری تازه از دليلی کهن.

ب- ابتکار دليلی جديد برای ادراک واثبات آموزه های دينی.

ج- پردازش قاعده يا ضابطه ای نو ،يا ابداع اصلی جديد ،در قلمرو منطق اکتشاف.

د-تبيین رهيافتی تازه برای اکتشاف دين.

و-کشف واستنباط گزاره يا آموزه ای جديد از قرآن.

ه-ارائه ی نقد کار ساز جديد در مفاهيم اکتشافی.

ي- استخدام زبانی نو برای سخن گفتن از دين.